København var dengang en lille tilsyneladende idyllisk by, men inden for voldene var den overbefolket, gaderne flød med alskens snavs og urenheder. Der var ingen kloaker, drikkevandet var urent overfladevand tilført gennem udhulede træstammer fra de omkringliggende søer, og renovationen fungerede elendigt.
Hygiejnikerne havde allerede i 1840'erne advaret, og byens vise fædre havde forhandlet på højeste plan, men da koleraen brød ud den 11. juni 1853 var intet forberedt. Byen havde ca. 130.000 indbyggere, og i løbet af fire måneder døde 4.742 mennesker, svarende til 2/3 af de anmeldte tilfælde. En voldsom kritik rejste sig mod de ansvarlige myndigheder, som stod magtesløse.
Også lægerne var rådløse. Man brugte de sædvanlige udtømmende midler (åreladning, lavement, opkastning), der kun forværrede tilstanden.
En gruppe unge læger tog initiativ til at visitere de hårdest ramte kvarterer og yde hygiejnisk rådgivning, og de værst ramte familier blev udflyttet til store teltlejre, fx på københavns vold, ligesom der oprettedes bespisning for de fattigste.

Epidemien ebbede ud i oktober 1853. Af Københavns ca. 130.000 indbyggere var der blevet anmeldt 7.219 tilfælde, hvoraf 4.737 (56,7%) havde dødelig udgang. Tallet ville i dag svare til ca. 17.500 døde. Fra København spredtes smitten til provinsen, hvor 24 byer blev angrebet med 1.951 døde.

Kortet viser fordelingen af kolera i København i 1853. Jo mørkere farve, jo flere koleratilfælde pr. 1.000 indbyggere. Koleraen rasede hårdest i de fattige kvarterer.